1. Posebna izdelava, težavna izdelava in visoka cena. Zaradi posebnih lastnosti kremenčevega stekla ni mogoče povečati proizvodnje mikrobarvnih žarnic, kar povzroči visoke stroške kremenčevih mikroorganizmov in ovira njihovo nadaljnjo popularizacijo in uporabo.
2. Upad svetlobe je velik in življenjska doba ni dolga. Po vžigu ultravijolične mikrobiološke žarnice na stotine ur njena jakost ultravijolične svetlobe hitro upade in doseže največ 30%, sterilizacijski učinek pa se močno zmanjša. Poleg tega poškodbe katode, ki nastanejo med obdelavo, vplivajo tudi na življenjsko dobo UV-razkuževalne žarnice. Ker dušenje svetlobe ultravijoličnih mikrobioloških žarnic in fluorescentno dušenje svetlobe po mehanizmu nista povsem enaka, morajo to težavo rešiti vse strani.
3. Zaradi različnih materialov z žarilno nitko in katodo UV-žarnic z enako močjo kot fluorescenčne sijalke T8 in T5 ne more poganjati enaka predstikalna naprava.
